PEFRON powstał na mocy ustawy w 1991 roku. Od 1997 działanie funduszu oparte jest na ustawie o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. PEFRON finansowany jest głównie ze środków pochodzących z wpłat pracodawców zatrudniających w pełnym wymiarze czasu pracy co najmniej 25 pracowników. Wpłaty te są obowiązkowe jeśli ilość zatrudnionych osób niepełnosprawnych w danej firmie w stosunku do ogółu pracowników jest mniejsza niż 6%. Do wpłat na PEFRON zobowiązane są zakłady pracy chronionej. Inne wpływy do kasy PEFRON pochodzą z dotacji budżetu państwa lub innych dotacji, subwencji, dobrowolnych wpłat czy dochodów działalności gospodarczej. Fundusz zebrane pieniądze przeznacza na organizacje i utrzymanie miejsc pracy dla osób niepełnosprawnych. Programów służących rehabilitacji zawodowej i leczniczej. PEFRON tworzy i utrzymuje działalność poradnictwa zawodowego, dofinansowuje wczasy rehabilitacyjne, sport, turystykę osób niepełnosprawnych. Jednym z ważniejszych zadań PEFRON-U jest dofinansowywanie programów likwidacji barier architektonicznych, transportowych i urbanistycznych ułatwiające życie i funkcjonowanie osobom niepełnosprawnym. Realizując swoje zadanie PEFRON stale i ściśle współpracuje z samorządami wojewódzkimi i powiatowymi. Zgodnie z ustawą na czele PEFRONU stoi Rada Nadzorcza i Zarząd. Biuro Funduszu znajduje się w Warszawie a w każdym województwie istnieje 1 jego oddział.